I aftalerne er der enkelte formalia omkring afvikling af møder. Fx er der bestemmelser om, at møder fortrinsvis skal holdes i arbejdstiden og om tilrettelæggelse af møder. Herudover forudsættes det, at samarbejdsudvalget selv fastsætter en forretningsorden.
I det omfang møderne ligger uden for den pågældendes normale arbejdstid, indregnes tiden i arbejdstiden og kan udløse merarbejdsbetaling efter overenskomstens regler. Dette gælder dog kun i regioner og kommuner i det omfang, der er indgået lokalaftale i henhold til MED-rammeaftalen. Der oppebæres time- og dagpenge samt befordingsgodtgørelse efter de gældende regler, hvis mødet finder sted udenfor den enkeltes arbejdsplads.
Tavshedspligt
Medlemmer af samarbejdsudvalget kan normalt frit referere, hvad der sker i udvalget, idet de dog har den tavshedspligt, som følge af deres tjenesteforhold/forvaltningsloven.
Uoverensstemmelser
SU-reglerne forudsætter positiv forhandlingsvilje fra begge sider. Afbrydelse af samarbejdet i samarbejdsudvalget bør normalt undgås.
Hvis parterne er uenige om fortolkningen af aftalerne eller mener, at der er tale om brud på aftalen, indbringes sagen i staten først for et eventuelt hovedsamarbejdsudvalg og kan dernæst indbringes for Samarbejdsnævnet. Ved uenighed i Samarbejdsnævnet kan en række spørgsmål indbringes for en voldgiftsret.
På det regionale og kommunale område klages først til hovedudvalget eller et et eventuelt hovedsamarbejdsudvalg, dernæst til koordinationsudvalget. Kan man ikke blive enige her, kan man bede aftaleparterne Kommunale Tjenestemænd- og overenskomstansatte (KTO)/ og den relevante arbejdsgiverorganisation om vejledning.