Den helt fundamentale forskel mellem at indgå aftale som tillidsrepræsentant og som samarbejdsrepræsentant er, at som tillidsrepræsentant er man direkte aftalepart i forhold til arbejdsgiveren, som samarbejdsrepræsentant er man én blandt flere til at indgå aftaler, og det kan være nødvendigt både at gå på kompromis i forhold til arbejdsgiveren og i forhold til andre personalegrupper.
Fortolkning og uoverensstemmelser løses i forskellige regier. I samarbejdssystemet skal sager videre til hovedsamarbejdsudvalg og eventuelt videre til Centralrådet for Statens samarbejdsudvalg/koordinationsudvalget og eventuelt til voldgift. I tillidsrepræsentantsystemet går sagen videre til aftaleparterne og eventuelt til voldgift. Voldgiftsretten i tillidsrepræsentantsystemet har i modsætning til voldgiftsretten i samarbejdssystemet mulighed for at idømme en bod og andre sanktioner.
Man kan i nogle tilfælde indgå aftaler i tillidsrepræsentantsystemet, hvor opsigelsesvarslerne er mere fordelagtige end i samarbejdsregi.